Археологічні знахідки з півдня США, Мексики та Перу показують, що кактуси, що містять мескалін, використовувалися в церемоніях протягом тисяч років. За змістом мескаліну виділяється кактус Сан-Педро. Використання кактуса Сан-Педро (або його місцева назва — Вачума), який був поширений у Перу ще до імперії інків, значно скоротився після іспанських завоювань, але в середині 20 століття він поступово поширився з Перу до Болівії та Чилі, головним чином як ліки.
Ідентифікація мескаліну як активної речовини в кактусі Сан-Педро була досягнута лише в 1960 році. Ця речовина знаходиться в основному під корою. Ім'я Сан-Педро, яке було дано кактусу після іспанських завоювань, відноситься до Святого Петра, який, згідно з християнським віруванням, тримає ключі від воріт раю. В даний час він продовжує використовуватися для подібних цілей індіанською церквою, яка була заснована наприкінці 19 століття.